Terbebas dari tanggung jawabnya dengan Organisasi 501, Motoko Kusanagi sekarang harus belajar cara menerima pesanan dari Aramaki. Seseorang meretas Logicomas, dan Batou meminta bantuan dari mantan perwira intelijen angkatan darat Ishikawa dan mantan pakar artileri udara Borma. Kusanagi juga berupaya untuk mendaftarkan seorang penembak jitu ace, Saito dan polisi yang menyamar, Paz ke Bagian Keamanan Publik 9 yang baru.