Film seri Natsume’s Book of Friends. Natsume telah sibuk, menavigasi antara manusia dan Yokai ketika dia secara kebetulan bersatu kembali dengan teman sekelasnya yang lama, Yuki. Ini membawa kembali kenangan menyakitkan Yokai tertentu. Sementara itu, Natsume juga berkenalan dengan Yorie Tsumura, seorang wanita dalam ingatan seorang Yokai yang namanya telah ia kembalikan. Yorie tahu banyak tentang Reiko, tetapi sekarang menjalani kehidupan yang damai dengan putra satu-satunya, Mukuo. Berada bersama keluarga ini menghibur Natsume, tetapi tampaknya Yokai misterius telah mengintai di kota mereka. Dalam perjalanan kembali dari penyelidikan, “benih Yokai” yang telah menempel pada Nyanko Sensei jatuh ke kebun Fujiwaras dan tumbuh semalaman menjadi pohon buah-buahan. Ketika Nyanko Sensei makan buah yang entah bagaimana berbentuk seperti dirinya, dia tiba-tiba terbagi menjadi tiga!