Para pelarian dari Federasi atas penyelamatan Spock yang berani dari Planet Kejadian yang hancur, Laksamana Kirk (William Shatner) dan krunya memulai perjalanan pulang untuk menghadapi keadilan atas tindakan mereka. Tetapi ketika mereka berada di dekat Bumi, mereka menemukannya pada belas kasihan kehadiran alien misterius yang sinyalnya secara perlahan menghancurkan planet ini. Dalam upaya putus asa untuk menjawab panggilan penyelidikan, Kirk dan krunya berlomba kembali ke akhir abad kedua puluh. Namun mereka segera menemukan dunia yang mereka tahu lebih asing daripada apa pun yang mereka temui di penjuru galaksi!